天下統一で不必要になった忍びの集団「伊賀」「甲賀」を滅ぼそうとしている柳生一族が徳川家康に進言して両流派を滅ぼそうとしたことから話は始まった。漫画「子ずれ狼」でも同様に柳生家は奸智に長けている。「伊賀」「甲賀」の両門は5人ずつを出し合って戦うことになる。忍者同士の壮絶な戦いだ。
伊賀「鍔隠れの里」の党首朧（おぼろ：仲間由紀恵）と甲賀「卍谷の里」の党首弦之助（オダギリジョー）は恋仲だ。二人は愛し合っていながら戦わねばならない運命だ。「運命は自分で切り開ける」と言っていた弦之助が朧との最後の戦いで進んで死んでゆくところは不可解だ。部族存続のための自己犠牲？
映画のストーリーは分かりずらいが戦いのシーンは「中国映画」や「マトリックスシリーズ」と同じ様にCGを多用して鮮烈で面白い。この映画の良いところは景色が綺麗なところだ。どのシーンも美しい。